AC米兰
在2002年世界杯之后，由于财政问题，拉齐奥不得不出售其队长以解燃眉之急。意大利各路豪门对内斯塔虎视眈眈，都想把当时被喻为世界第一中卫罗致到自己的球队里。最后经过了一番追逐，AC米兰如愿地以3000万欧元的转会费购入内斯塔。这个价钱也创出了当其时后卫转会费的记录。加盟米兰后，内斯塔迅速成为了球队的后防中坚，和保罗·马尔蒂尼组成豪华后防线。他的到来改变了米兰队自巴雷西1997年退役以来一直脆弱的后防。
米兰队02-03赛季夺得冠军联赛冠军（在与尤文图斯的决赛120分钟0比0之后的点球决战中射入米兰的第4粒点球）和03-04赛季夺取联赛冠军的重要功臣。在2006-2007年赛季，内斯塔虽然饱受伤病困扰，但其及时复出帮助球队再度问鼎欧洲冠军联赛冠军。
米兰在接下来的几个赛季成绩不算很好，冠军杯成绩也不理想。内斯塔也因伤患不能定时出场，让球迷联想到其退役的可能性。及后由于适当的休养和调整，再加上蒂亚戈·席尔瓦的加盟和迅速成长，内斯塔再次成为米兰后防核心不二人选，帮助在2010-11赛季的意甲再次称霸。这个冠军也是内斯塔本人第三个意甲联赛的冠军奖杯。
2012年5月10日，内斯塔召开新闻发布会，宣布将在赛季结束后离开AC米兰，并转战美职联。5月13日，在2011-2012赛季意甲联赛最后一轮(第38轮)AC米兰主场迎战诺瓦拉的比赛中，内斯塔在80分钟替换阿奎拉尼出场，完成了他在AC米兰的最后一战。
在AC米兰，内斯塔作为球队不可或缺的核心球员几乎赢得了一个职业球员所能获得的所有集体荣誉，包括两次欧洲冠军联赛冠军，两次意大利足球甲级联赛冠军以及世俱杯冠军和欧洲超级杯冠军。