2010年，由於對耐克轉讓美國足球聯賽股權的決定不滿，幾支球隊的大股東決定脫離美國足球聯賽，試圖重組1984年因財困而被迫解散的北美足球聯賽，但是失敗。後來美國足協介入調停，發現這次分裂讓兩個聯賽都沒有足夠的球隊作賽，於是建立了美國足協乙級職業聯賽（英语：USSF Division 2 Professional League）作為2010年的過渡聯賽。2010賽季結束以後，美國足球聯賽宣佈將原有的甲級聯賽和乙級聯賽合併為「美國足球聯賽職業級聯賽」（USL Pro），而新建的北美足球聯賽則被美國足協制定為乙級聯賽。
第一屆美國足球冠軍聯賽共有十二支球隊參與，包括安提瓜巴布達FC、查爾斯頓電池、夏洛特老鷹、代頓荷蘭獅子、紐約FC、哈里斯堡市島民、洛杉磯藍調、奧蘭多城SC、匹茲堡河狗、里士滿踢球者、羅切斯特犀牛及威爾明頓錘頭鯊，原本計劃邀請三支波多黎各球隊參與[1]。
2013年，美國職業足球大聯盟和美國足球聯賽宣佈：將用兩年時間將大聯盟後備隊聯賽和美國足球聯賽（職業級聯賽）合併，以便為在大聯盟缺乏上陣機會的球員提供在美國足球聯賽的上陣機會[2]。大聯盟球隊可以自己組建後備隊，也可以和現有的美國足球聯賽球隊建立合作關係[2]。之後兩個聯賽開始大規模地對北美足球聯賽進行挖角，包括明尼蘇達聯、坦帕灣暴徒（英语：Tampa Bay Rowdies）和渥太華暴怒等北美足球聯賽球隊相繼被挖走[3][4]。
2017年1月，經過一輪迅速擴張之後，美國足球聯賽被美國足協指定為乙級聯賽，與北美足球聯賽同級，緊隨大聯盟之後[5]。同年4月，美國足球聯賽宣佈：將於2019年建立「USL丙級聯賽」[6]（正式建立後更名為「美國足球甲級聯賽」）。此舉再一次引發關於「在北美洲是否應該實行升降級制度」的討論。
2021年12月6日，美國職業足球大聯盟宣布成立MLS Next Pro，賽事被歸類為美國足球聯賽系統第三級聯賽，將於2022年開始比賽。由2014年開始美職聯和美國足球聯賽合作關係宣告結束，絕大部份在冠軍聯賽及或美國足球甲級聯賽擁有的大聯盟預備隊將於2023年前遷至MLS Next Pro，但勞登聯（英语：Loudoun United FC）[7]和CF蒙特利爾預備隊[8][9]除外。