在那个赛季，巴普蒂斯塔的火力足以竞争西甲金靴。遗憾的是，他遇到了状态同样爆棚的罗纳尔多，只能屈居银靴。但他已凭借惊人的表现，赢得了欧洲足坛的广泛关注。到了2004—05赛季，尽管进球数略降至18球，但对于一个前腰而言，这依旧是极具说服力的成绩单。
连续两个赛季的高光表现，让巴普蒂斯塔迅速成为转会市场上的红人。无数豪门球队向他抛来橄榄枝，其中不乏皇马、巴萨这样的顶级强队。最终，是皇马主席弗洛伦蒂诺力排众议，花大价钱将他带到了伯纳乌，并兴奋地表示：“我们签下了马拉多纳。”这样的溢美之词，可见对他寄予厚望。
但梦想很快被现实击碎。皇马阵中已有齐达内这位无可替代的中场大师，前腰位置早有主人。巴普蒂斯塔被迫转移到边路活动，既远离了他擅长的区域，又放大了他脚下技术粗糙的问题。结果是灾难性的——整个2005—06赛季，他的表现与外界期待相去甚远，甚至被视为失败的引援之一。
齐达内在2006年退役后，本以为他能重新获得机会，但皇马已经对他失去了耐心。于是，球队选择将他租借给英超的阿森纳。然而，在拥有亨利、罗西基、范佩西等多位进攻好手的阿森纳阵中，他的上场空间极为有限。温格原本希望他能接替维埃拉的位置，担任中场屏障，结果发现他缺乏维埃拉那种防守智慧与指挥调度能力。最终，只能将其作为轮换球员使用。而这位原本被寄予厚望的“多面手”，在兵工厂也没能证明自己。
租期结束后，巴普蒂斯塔回归皇马，但早已不再被重视，很快就被以仅900万欧元的价格转卖给罗马，价格甚至不到当年加盟皇马时的一半。加盟罗马后，他原本希望重振雄风，却遇上了新的难题——球队核心托蒂。巴普蒂斯塔最适合的位置是前腰或影锋，恰好和托蒂重叠。而托蒂在球队的地位毋庸置疑，任何人都只能为他让位。因此，巴普蒂斯塔被迫去踢中锋。
但问题来了：中锋并非纯靠身体素质就能胜任，还要求高超的支点能力和灵巧的跑位。而从后腰出身的巴普蒂斯塔，在这些方面天赋有限。这种错位使用，导致他在罗马也没能找到真正的节奏。尽管他非常努力，拼尽全力地适应，可始终难以打出稳定表现。终于，在2010—11赛季的冬季转会期，罗马决定将其清洗，以200万欧元的价格将他出售给了马拉加。
在马拉加，巴普蒂斯塔终于迎来了喘息的机会。这里没有齐达内，也没有托蒂，他总算可以安心踢自己最擅长的前腰位置。在2010—11赛季下半段，他出场11次打进9球，状态爆棚，似乎找回了当年在塞维利亚的风采。然而，好景不长，伤病成为了他新的敌人。接下来的两个赛季，他长期处于伤病恢复之中，登场时间寥寥。
2013年夏天，巴普蒂斯塔与马拉加解约，返回巴西联赛继续征战。他的职业生涯在世界多地留下了足迹，一直坚持到2019年，才宣布正式退役。
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